Berawal dari sebuah program pengkaderan da’i hafizh qur`an yang dibina oleh KH. Dr Muslih Abdul Karim, MA pada 2004 di Depok dan pada tahun berikutnya diadakan program pembinaan yatim & dhuafa penghafal qur`an.
Kini Pesantren Baitul Qur`an dibawah binaan dan asuhan KH. Dr Muslih Abdul Karim, MA terdapat kurang lebih 20 Pesantren seluruh Indonesia. 3 Pesantren (BQ Depok, BQ Cirata, BQ Subang) dari 20 itu dibawah satu naungan Badan Wakaf Baitul Qur`an Indonesia.
Baitul Qur`an Subang memulai pembangunan pada akhir 2017 diatas area wakaf seluas 2 hektar. Pada pertengahan juni 2019 pembelajaran dimulai di Pesantren Baitul Qur`an Subang dengan 2 angkatan santri level SMA dengan komposisi 75% beasiswa dan 25% Reguler. Adapun PSB santri baru tingkat SMP-SMA dibuka pada tahun ajaran 2020-2021.
Kurikulum yang diterapkan terdiri dari 3 jenis kurikulum; kurikulum kedinasan, kurikulum pesantren dan kurikulum pembinaan.